Es raro, no es lo mismo pero lo comento, el otro día me quedé sin batería y al cambiarla, con la nueva, tenía todos los cristales desprogramados y no subían de un sólo toque.
Ya veo que no tiene nada que ver, pero si dices que sí funciona con el mando del conductor y falla con la llave o el mando de la puerta, el cableado está bien, por si acaso haz lo que dice el enlace que te ha puesto MAguayo.