Por el número mayor o menor de válvulas no creo que pase nada en absoluto, salvo que a una que tenga 16 v, lógicamente, puede sacársele más potencia al permitir "respirar" mejor al motor.
Lo que se hace con las reprogramaciones es cambiar el mapa de avance de la inyección así como los caudales de ésta, con lo que se consigue más potencia, aunque eso puede tener sus contrapartidas en fiabilidad, ruido, consumo (a veces esto último puede mejorar), humos y emisiones contaminantes, etc. Lo que más puede preocuparnos, que es la fiabilidad, no tiene demasiada importancia si la mejora de potencia solo la utilizamos en ocasiones puntuales, como por ejemplo para realizar un adelantamiento, pero está claro que si pretendemos ir siempre "de carreras", los sobreesfuerzos a los que someteremos al motor nos pasarán factura.
Un saludo.